Przy pomocy modułu Administrator systemu można dokonać zmiany parametrów programu. Potrzeba taka może wiązać się np. ze zmianami systemu kodowania słowników i skorowidzy. Funkcję administratora programu pełni zwykle osoba mająca większe uprawnienia i posiadająca odpowiednią wiedzę w zakresie sposobu działania programu. Moduł ten stanowi dogodne narzędzie zabezpieczania dostępu do danych zawartych w całym lub części systemu. Pozwala on definiować prawa dostępu dla grup i indywidualnych użytkowników. Kontrola obejmuje dostęp zarówno systemu jako całości, jak i do jego poszczególnych modułów, rejestrów, dokumentów czy funkcji. W obrębie jednej funkcji można także definiować prawa do odczytu, wprowadzania zmian lub usuwania danych.
